Příčinou záplav byly v roce 2002 nadprůměrné srážky, které v první vlně zasáhly hlavně jih Čech. Při druhé vlně, která byla ještě ničivější a zasáhla velkou část Čech, už byla půda vodou značně nasycená z prvních dešťů a ani vodní díla svou kapacitou nestačila. Déšť rozvodnil hladiny jihočeských řek. Vodohospodáři odpouštěli naplněné přehrady, začínaly přetékat rybníky. Jedním z nejvíce zasažených měst byly tehdy i Strakonice.
