První písemná zmínka o vsi je z roku 1251 v listině vydané Přemyslem Otakarem II. Zdejší okolí však bylo osídleno již mnohem dříve – na vrcholu blízkého kopce jsou ještě patrné zbytky raně středověkého hradiště Hradec u Řepice.

Největší rozkvět zažila Řepice v době, kdy ji vlastnil český humanista a místosudí království českého Jan Hodějovský. Ten přestavěl zámek v renesančním slohu, založil zahradu se vzácnými rostlinami a knihovnu. Po bitvě na Bílé hoře byl zámek vypálen císařským vojskem.

Od 1. dubna 1976 do 23. listopadu 1990 byla obec součástí města Strakonice. Obec získala první místo v celostátním kole soutěže Vesnice roku 2012. Žije v ní cca 450 obyvatel.