Za druhé světové války se v Katovicích a Česticích (kde působil krátce před zatčením v roce 1942) zapojil do protinacistického odboje pod krycím jménem Jouzínek. Byl členem buňky Karel - odbojové organizace ÚVOD, pro kterou falšoval křestní listy a další dokumenty. V roce 1942- 5. srpna byl zatčen a po necelých třech letech věznění sťat gilotinou- 20. dubna 1945.

V roce 2008 proběhly v Katovicích oslavy 100. od jeho narození a na faře vzniklo Centrum P. Josefa Jílka (společný projekt Římskokatolické farnosti Katovice a občanského sdružení BEZ).