Juraj Thoma se měl dostat do rozporu 
se zákonem pár dní před svým odvoláním z funkce v červnu 2010. A to tím, že podepsal takzvaný dodatek č. 2 smlouvy 
o dodávce informačních technologií se společností Bit Servis za přibližně 37 milionů korun bez předchozího projednání radou města.

Údajně tak připravil městskou kasu o víc než osm milionů korun. Právě o tolik se totiž podle soudních znalců zřejmě dala sporná zakázka vysoutěžit levněji.

Krajský soud se začal případem zabývat v prosinci loňského roku, kdy vyslechl bývalé náměstky Rudolfa Vodičku, Františka Jelena 
a Ivanu Popelovou i zaměstnance magistrátu.

Samotný Juraj Thoma v prosinci odmítl u soudu vypovídat. Odkázal na podrobné vyjádření 
z přípravného řízení na policii. Tehdy detailně vysvětloval okolnosti vypisování výběrových řízení a znovu připomněl, že se cítí být nevinný. „Jako primátor jsem ročně podepsal kolem tří tisíc smluv. Nebylo v mých silách zkoumat obsahovou a právní stránku každé jedné z nich. Spoléhal jsem na schválení od pověřených odborníků," řekl.

V úterý 3. února dopoledne před soudem vypovídali dva svědci ze společnosti Bit servis. Společník, jednatel a ředitel firmy Pavel Musil stejně jako jeho kolega, spoluvlastník, jednatel a finanční ředitel Jiří Bozděch vysvětlovali detaily smlouvy a jejího sporného dodatku, které firma s městem podepisovala. Odpovídali také na otázky, které se týkají odborného hlediska správy tak složité počítačové sítě, jakou budějovická radnice potřebuje.

Shodují se na tom, že již ve smlouvě z roku 2007 je obsažena opce, na základě které mohla firma podat nabídku na upgrade systému a další pokračování spolupráce. Ta byla podle ředitele Pavla Musila oboustranně výhodná i z hlediska kontinuity a dobré znalosti veškerých detailů chodu systému. Pro pokračování podle něj mluvila i oboustranná shoda a spokojenost s dlouholetou spoluprací. „Byli jsme nápomocni při určování strategie na příští období," zmínil. Firma podle svého ředitele pří předkládání nabídky na prodloužení spolupráce netušila, že si město nechalo vypracovat průzkum cen za poskytované služby na trhu. I při takovém srovnání Bit servis s nabídkou obstál.

Oba svědci také zpochybňují znalecký posudek, podle něhož se dala sporná zakázka vysoutěžit levněji. Poukazují na to, že znalec je zaměstnancem konkurenční firmy a neuvádí, o co se opírají jeho názory ohledně možné ceny zakázky.

Znalec je před soud také předvolán, ale ze zdravotních důvodů se omluvil. 

Odpoledne jednání pokračovalo výslechem dalších dvou svědků. A sice obchodního zástupce společnosti Bit servis Jiřího Quirsfelda a technika téže firmy Ladislava Božovského. Oba vysvětlili své odborné hledisko spolupráce s městem.

Kvůli výslechu nemocného soudního znalce je další jednání odročeno na polovinu dubna. Jak uvedl obhájce bývalého primátora Juraje Thomy Josef Dvořák, i obhajoba doplní do spisu vlastní znalecký posudek a navrhne výslech tohoto znalce.