První klub vznikl už v roce 1922 jako SK Kaplitz, v němž většinu mužstva tvořili hráči německé národnosti, ale fotbal ve městě už o tři roky dříve začali hrát čeští vojáci z českobudějovického 29. pěšího pluku.

Slibně se rozvíjející činnost kopané ve městě otupilo zabrání pohraničí v roce 1938a druhá světová válka. K založení českého civilního klubu došlo až v roce 1946, pak ve městě působilo několik oddílů (Rudá hvězda, Jiskra, Disk, Slavoj), které se v roce 1958 sloučily pod název Spartak, který fotbalisté používají dodnes. Kaplice se v té době většinou pohybovala v nižších krajských soutěžích.

V roce 1995 přišel pád z I. A třídy, ale hned o rok později se Spartak posunul z I. B třídy až do krajského přeboru poté, co Dukla Tábor po pádu z divize neměla o elitní jihočeskou soutěž zájem.

Hned ve své premiérové sezoně v KP kaplický tým obsadil v roli nováčka druhé místo, které zopakoval i o rok později o jediný bod za Pelhřimovem. Odmítl však posun do divize administrativní cestou, který mu byl nabídnut.

Na konci dalšího ročníku, tedy v roce 1999, už se Spartak pod vedením úspěšného kouče Františka Hájka radoval z postupu do divize přímo na trávníku. Historický okamžik nastal kolo před koncem po výhře 4:0 v Blatné. Oslavy byly velkolepé a památný duel závěrečného kola s druhým Spartakem Sezimovo Ústí (4:2) si nenechalo ujít 1200 diváků!

Kaplice v divizní společnosti strávila celkem šest let. V těch dalších střídala krajský přebor s I. A třídou, v níž působí i v současnosti.

Mezi nejznámější hráče Spartaku patřili Václav Himmer, Zdeněk Cinert, František Hájek, Ferdinand Jiskra, Karel Toncar, Jan Botko, Jan Rybák, Jaroslav Křiva, František Tůma, Petr Janura, Milan Románek, či Jakub Lesňák.

Dlouhé desítky let se fotbal v Kaplici hrál na škvárovém hřišti. Zeleného pažitu se fotbalisté dočkali až v roce 1985, kdy byla škvárová hrací plocha přebudována na travnatou, a to u příležitosti konání Spartakiády. Kaplický klub nyní může využívat tři travnaté hrací plochy.

V současné době Spartak registruje osm týmů od přípravky po muže, ženské družstvo a starou gardu.

Za krátkou zmínku jistě stojí dámský fotbalový soubor, který se pyšní už více než padesátiletou historii. Ve městě byly dokonce dva oddíly, Spartak a Slavia. Kaplické ženy si zahrály dokonce evropské poháry a svého času patřily k tuzemské elitě. Nyní jsou účastníkem divize.