Hrad byl založen ve 14. století rodem Rožmberků. Roku 1355 císař Karel IV. svým podpisem ze dne 21. května povoluje čtyřem bratřím Rožmberského rodu postavit na hoře Malošíně pevný zámek jako odměnu za pomoc při potlačení povstání v italské Pise. Již roku 1357 je jmenován na Helfenburce první purkrabí Jaroslav Měřička z Vitějovic. O čtrnáct let později od data zakládací listiny, další z purkrabích, Buzek ze Lhoty, vlastním listem oznamuje vladaři na Krumlov, že je zcela dokončen hradní palác. Zpustlý byl v roce 1539 prodán Petrem Vokem městu Prachatice. Roku 1933 získal zříceninu do pronájmu Klub československých turistů, který nechal původní hradní věž zvýšit o 5 m, aby mohla sloužit jako rozhledna. Zároveň byla provedena celková rekonstrukce zdiva.

Po roce 1945 je Helfenburk zařazen mezi státní hrady a zámky Československé republiky. V 90. letech minulého století je na základě zákona o obcích převeden do majetku města Bavorov, které je jeho vlastníkem i v současnosti a pokračuje v záchraně památky pro budoucí generace návštěvníků.

Celý hrad prošel rekonstrukcí v 60. a 70. letech 20. stol., a v roce 1977 byl zpřístupněn veřejnosti.

Po modré se dá dostat na Helfenburk i z druhé strany, od Volyně. Trasa jen na místo je však dlouhá 13,5 kilometru. Procházkou po červené turistické značce z obce Dub k Helfenburku také dojdete za 4 km.