O městě jsou první písemné zprávy z roku 1317 a později se přeměnilo v důležité tržní město na Zlaté stezce z Pasova do Prachatic.  V roce 1547 Vodňany povýšily na královské horní město. Avšak ukázalo se časem, že mnohem výnosnější je v této oblasti rybníkářství.

V roce 1620 byly Vodňany vypleněny vojáky Katolické ligy. Po potlačení českého stavovského povstání bylo město zbaveno práv i majetku a stalo se poddaným. V roce 1623 byly Vodňany zastaveny donu Baltazaru de Maraddasovi, který je brzy prodal Schwarzenberkům. Vyplacením zástavy v roce 1710 získalo město opět svobodu.

Současnou podobu města vytvořila důsledná regotizace.

Farní kostel Nanebevzetí Panny Marie, který městu vévodí, byl původně ranné gotický byl v letech 1415-1435 přestavěn, znovu pak v roce 1584 a v letech 1894-1896 byl přestavěn novogoticky J. Mockerem a vyzdoben malbami Mikoláše Alše. 

Mezi další zajímavé stavby, které můžeme ve Vodňanech hledat, patří městské hradby s vodním příkopem a čtvercovou baštou, domy kolem náměstí, kde se v čp. 1 - ve staré lékárně - narodil spisovatel a novinář František Herites. Na první pohle upoutá i stará kašna na náměstí se sochou Svobody. Socha Svobody byla na kašnu instalována v roce 1929 jako připomínka samostatnosti Československa.

Lékárna vedle kostela je ze 16. století, empírový kostel sv. Jana Křtitele pochází z poloviny 19. století  a kaple sv. Vojtěcha z roku 1730, židovský hřbitov z 19. století.  Ve Vodňanech mají i Městskou galerii založenou v roce 1967. V Městských sadech najdete domek Juliuse Zeyra, prohlédnout si můžete  kapi sv. Vojtěcha, bývalou synagogu i vyhášenou rybářskou školu.

Nejznámějším rodákem je Jan Kampanus Vodňanský /1572-1622/, rektor University Karlovy a jeho životní osudy popsal  v historickém románu Zikmund Winter. K významný osobnostem a rodákům, kteří stáli u zrodu městského muzea patřil trojlístek Herites - Mokrý - Zeyer a k nim ještě Jan Zrzavý, Antonín Waldhaus a JUDr. Václav Kopista. 

V minulosti bychom zde našli tyto spolky: Sbor dobrovolných hasičů, Spolek vojenských vysloužilců, Všeobecné sdružení národních socialistů, Dělnická tělovýchovná jednota, První rybářský spolek, Zpěvácký spolek "Krasoslav", Místní odbor Národní Jednoty Pošumavské, Spolek divadelních ochotníků "Šumavan", Místní odbor Ústřední Matice Školské, Tělovýchovná jednota "Sokol", Spolek pro okrašlování a ochranu domoviny, Místní skupina svazu malorolníků a domkářů Jihozápadních Čech a Odborné hospodářské sdružení českých křesťanských zemědělců. Starostou v této době býval Josef Šebesta, řídícím učitelem Jindřich Veselý a farářem pan P. Max Fr. Jelínek.

Za galerii fotek a článek děkujeme Janu Malířskému