Po smrti Bavora III. ze Strakonic 1318 se měla ujati jeho statku vdova Markéta z Rožmberka, majíc tu věnem 880 hřiven stříbra zapsáno. Tato pak postoupila svá práva na bavorovský statek, městečko Bavorov a 24 okolních vesnic svému bratru Petrovi z Rožmberka. Ten roku 1334 obdržel od krále Jana Lucemburského majestát, jímž mu je veškeré právo královské na panství darováno. V roce 1357 si Rožmberkové k ochraně svého panství postavili na blízkém vrchu Malošíně hrad Helfenburk, jehož zřícenina je nyní dominantou zdejší krajiny.
Po Rožmbercích získávají Skály Sedlečtí z Dubu, po nich Kořenští z Terešova. Obec je vedena ve statku  Křešťovice /Chřešťovice/a v berní ruly je uváděno 10 sedláků: Vít Prcka - 30 strychů rolí, Šimon Hlavátč - 20 rolí, Šimon Jírovec - 30 strychů, Jan Rys - 45 strychů, Šimon Šarše - 20 strychů, Jakub Mareš - 30 strychů, , Pavel Beneš - 40 strychů, Jakub Maroušek - 30 strychů, Jakub Brada - 30 strychů a jeden zkažený Matěje Prokopce  30 - strychů. Dál chalupníci: Vít Škoda - 10 stychů a Bartoloměj Cantor - 10 strychů, dál 3 zahradníci: Tomáš Peroutka 5 - strychů, Jiřík Krčmář - 4 strychy, Matěj Matějíček - 4 strychy a jedna zahrada pustá Rychlýho - 4 strychy.
Ve 2. polovině 17. století získávají Skály Lažanští z Bukové, roku 1742 je pro statek Mladějovice získal Adem Filip Losy z Losinthalu a přidal ke statku Štěkeňskému. Na konec jsou v majetku Josefa Mikuláše z Windischgrätze a tam zůstaly do poloviny 19. století. 
V roce 1771 zde bylo 23 domů, v roce 1910 je zde 35 domů a 200 obyvatel, v roce 1921 35 domů a 199 obyvatel a v roce 1930 35 domů a 191 obyvatel. V roce 1912 zde v obecním zastupitelstvu byli: Karel Carda - starosta, Jan Žáček a Vojtěch Beneš - radní a ve výboru: Václav Beneš,  František Kroupa, Jan Havlan, Jan Maroušek, Dominik Červenka a Josef Kostěnec, na hospodě byl Václav Vetíška / i s trafikou/, kovářem byl Jan Havlan, krejčí Marie Krajánková a obchod koloniálním a galanterním zbožím měl Václav Krajánek. V roce 1902 je zde založen Sbor dobrovolných hasičů.
Z pamětihodností najdeme ve Skalách kapli Panny Marie z počátku 19. století, boží muka při polní cestě do Paračova a druhé při silnici do Čepřovic.
V roce 2002 získala obec v soutěži vesnice roku bílou stuhu za činnost mládeže.                                                 

Jan Malířský, Strakonice